基于线粒体12S基因分析四川地区鸡异刺线虫的种群遗传多态性

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2015.12.019

摘要/Abstract

摘要：

为探讨四川地区鸡异刺线虫的遗传变异特点和种群遗传结构特征，利用PCR技术扩增了四川7个地区共58株鸡源鸡异刺线虫分离株的线粒体12S基因全序列，经测序后分析其遗传多样性。结果显示，58条鸡异刺线虫12S基因全序列均为699 bp，序列中共有38个变异位点和34个单倍型（HS1-HS34）；单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（π）分别为0.822和0.003 95。进一步分析表明，7个地理种群遗传分化不明显（Fst=0.007 87），种群间基因交流较频繁（Nm=31.52）；分子方差分析（AMOVA）表明，四川地区鸡异刺线虫的遗传分化主要来自于种群内部（99.21%），种群间遗传变异水平较低（0.79%）；单倍型网络图和NJ系统发育树显示，鸡异刺线虫7个地理种群的34个单倍型散在分布于不同种群内，分布格局较为混杂，未形成明显的地理分布格局。结果表明，四川地区的鸡异刺线虫遗传多样性较低，遗传分化不明显，还未形成显著的地理遗传结构。

Abstract:

To study the population genetic diversity and genetic structure of Heterakis gallinarum population in Sichuan，the complete sequence of mitochondrial 12S gene of 58 H.gallinarum isolates from 7 different geographical regions in Sichuan were amplified and analyzed the genetic diversity.The results showed that the complete lengths of mitochondrial 12S gene sequenced from 58 H.gallinarum isolates in this study were all 699 bp.These sequences contained 38 variable sites and were classified into 34 haplotypes(HS1-HS34).The values of haplotypes diversity(Hd) and nucleotide diversity(π) were 0.822 and 0.003 95，respectively.Genetic diversity with Fst and Nm furtherly showed that there were no significant genetic differentiation and frequent gene flow among the seven populations(Fst=0.007 87，Nm=31.52).An analysis of molecular variance(AMOVA) estimated that 99.21% of the genetic variation was partitioned within the population，and only 0.79% occurred among populations.NJ phylogenetic tree and haplotype network were both revealed that 34 haplotypes from 7 different geographical regions dispersed different geographical populations，and haplotypes did not cluster according to their geographical location.The results indicated that the H.gallinarum population in Sichuan had a low level of genetic diversity and no significant genetic differentiation，it have not formed significant geographical genetic structure.

中图分类号:

S852.731

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